实验室管理体系和管理能力的提升是高校整体教学及科研水平提升的重要基础。为进一步提升实验室的标准化工作水平，微纳加工中心在清华大学实验室管理处标准化工作统筹下，将标准化工作作为本年度的一项重要工作，全力推进实验室各项标准体系建设。微纳加工中心标准化建设思路为：在实验室管理处制定标准化管理一般原则及校级框架的基础上，根据校级框架编制管理体系文件，通过管理体系中实验过程文件的管控，达成实验数据可溯、实验条件可控、实验过程可重复、实验结果可再现的具体目标。

微纳加工中心标准化体系包含四层文件：一阶质量手册（规定一个组织质量管理体系的文件，为纲领性文件），二阶程序文件（规定了某一个管理活动的具体要求和控制方法），三阶作业指导书（规定如何完成某项具体操作或工作任务的文件），四阶记录文件（阐明结果或提供完成活动的证明性文件）。

微纳加工中心通过制定标准、组织实施标准和对标准实施的监督检查，实现实验室标准化工作的科学管理。